Nach dem Aussterben der Luxemburger und einer kurzen Herrschaft der Habsburger übernahmen die neuen böhmischen Könige aus dem polnischen Herrschergeschlecht der Jagiellonen die Burg. Der Prager Volksaufstand 1483 führte unter König Vladislav I. Jagiello zur Rücksiedlung des Hofes vom Königshof in der Altstadt auf die Prager Burg und zum Ausbau der Anlage im Stil der Renaissance. Um die Wende vom 15.Jh. zum 16.Jh. errichtete man den Wladislawsaal des Königspalastes sowie neue Befestigungen und die Verteidigungstürme Pulverturm, Neuer Weißer Turm und Daliborka an der Nordseite des Burggeländes. 1541 brannte es erneut auf der Burg, die Wohngebäude und Kirchen wurden in der Folge wieder aufgebaut.

Durch die Herrschaftsübernahme der Habsburger in Böhmen (nach dem Tod König Ludwigs von Ungarn in der Schlacht bei Mohacs gegen die Osmanen) wurde das Schloss nach 1526 zu einem habsburgischen Machtzentrum. Auf dem Burggelände entstandenen zahlreiche Adelspalais sowie der königliche Garten und der Unterhaltung dienende Bauten. Um die Wende vom 16.Jh. zum 17.Jh. erlebte die Burg unter Kaiser Rudolf II. ihren Höhepunkt der Ausstattung im Stil der Renaissance und des Manierismus. Sie entwickelte sich zu einem Zentrum von Kultur und Wissenschaft, was sich im Bau von Gebäuden für die kaiserlichen Sammlungen wie dem Spanischen Flügel und der Anlegung des Goldenen Gässchens niederschlug. Während des Dreißigjährigen Krieges wurde die Burg nach der Niederlage der protestantischen Truppen gegen das katholisch-kaiserliche Heer durch Plünderungen sächsischer und schwedischer Truppen in der ersten Hälfte des 17.Jhs. beschädigt sowie die städtische Autonomie Prags stark eingedämmt.

Kaiserin Maria Theresia ließ die Prager Burg von 1755 bis 1775 durch ihren Architekten Nicolo Pacassi zu einem repräsentativen Schlosskomplex als Herrschaftsmittelpunkt der 1784 zur gemeinsamen Stadt Prag zusammen geschlossenen Städte Hradschin (Hradčany), Kleinseite (Malá Strana), Altstadt (Staré Město) und Neue Stadt (Nové město) ausbauen. Im 19.Jh. wurde das Schloss zunehmend vernachlässigt und viele seiner Bauten bis zur Instandsetzung in der zweiten Hälfte des 19.Jhs. und dem wiedererwachenden tschechischen Nationalbewusstsein militärisch genutzt.

Seit 1919 dient die von 1920 bis 1935 modifizierte Prager Burg als offizieller Amtssitz des tschechischen Präsidenten. Nach dem Sturz des sozialistischen Regimes 1989 und der Gründung der unabhängigen Tschechischen Republik 1993 öffnete man weite Bereiche der Burg für die Öffentlichkeit und ergänzte Anlage durch moderne Ausstattungselemente.

Den Rundgang von Osten aus beginnend stößt man zunächst auf die Wehranlage am nördlichen Rand des Burgareals. Sie besteht aus dem runden Mihulka-Pulverturm aus dem späten 15.Jh. im Stil der Gotik und Renaissance, dem mächtigsten Kanonenturm der Burg, sowie den gotischen Türmen Weißer Turm, einem bis in die Mitte des 18.Jhs. als Gefängnis genutztem zylinderförmigen Bau, und Daliborka, einem Rundturm von 1496 mit einem Gefängnis mit Oubliette.

Die Türme fassen das von Ende des 16.Jhs. in die Bögen der Befestigungsmauern der Burg eingebauten Häuschen aus der Gotik und Renaissance gesäumte Goldene Gässchen (Zlatá ulička; auch Alchemistengasse oder Goldmachergässchen) ein.

Einst befanden sich hier Unterkünfte der Burgwachen und Werkstätten von Goldschmieden sowie 1917 eine Wohnung Franz Kafkas im Haus Nr. 22. Das heutige Erscheinungsbild der Gasse stammt von 1955/2011, in den Häuschen wurden Souvenirläden und Ausstellungsräume (z.B. über die Lebensumstände in der Gasse vom 16.Jh. bis in die 1950er Jahre) eingerichtet. In dem hinter den Häusern verlaufenden Wehrgang sind Repliken von mittelalterlichen Waffen und Rüstungen zu sehen.

In der Nähe des Osteinganges steht das ursprünglich vierflügelige Palais Lobkowicz aus der Mitte des 16.Jhs. bzw. 17.Jhs. im Stil der böhmischen Renaissance und des Barock. Es verfügt über hohe Giebel, eine zweistöckige Halle im südöstlichen Flügel, die St.-Václav-Kapelle und einen Teil der Kunstsammlungen der Fürstenfamilie vom 16.Jh. bis 20.Jh. in der Nationalgalerie. An das ehemalige Palais der Adelsfamilie Lobkowicz schließt sich das in der zweiten Hälfte des 16.Jhs. durch die Familie Rožmberk im Stil der Renaissance errichtete und in der Mitte des 18.Jhs. zu einem Institut für die Unterrichtung adeliger Frauen umgebaute Rožmberk Palais mit drei Höfen und einem Arkadengang im Erdgeschoss an.

Der östliche Bereich des folgenden Georgsplatzes wird von dem 976 gegründeten Benediktinerinnen-Kloster St. Georg eingenommen, das in enger Verbindung mit dem Herrschergeschlecht der Přemysliden stand, seine Blütezeit im 14.Jh. unter der Äbtissin Kunigunde und nach dem Erhalt des Status einer Fürstabtei erlebte und nach der Aufhebung 1782 ab 1908 rekonstruiert wurde. Heute präsentiert es sich mit weitgehend renaissancezeitlichem Erscheinungsbild.

Die romanische St.-Georgs-Basilika wurde um 920 durch Vratislav I. gestiftet, nach einem Brand 1142 unter Äbtissin Bertha restauriert und im 17.Jh. mit einer barocken terracottafarbenen Sandsteinfassade versehen. Sie besitzt zwei weiße Steintürme namens Adam und Eva und ein mit der einen Drachen bekämpfenden Figur des heiligen Georg geschmücktes Portal von 1520. Im Inneren beherbergt die Klosterkirche in der gotischen Kapelle der heiligen Ludmilla aus der ersten Hälfte des 13.Jhs. die Grabstätte der ersten tschechischen Märtyrerin, Prinzessin Ludmilla.

Am Beginn des dritten, inneren Burghofes schließt sich an der Südseite der auf einem romanischen Vorgängerbau Herzog Soběslavs I. von 1135 errichtete, bis in das 16.Jh. als Sitz der böhmischen Könige genutzte Alte Königspalast (Starý královský palác) an.

Über seinem romanischen Kellergeschoss mit Resten von Befestigungsrampen, einem gewölbten Saal und dem Erdgeschoss der Allerheiligenkapelle befindet sich das gotische Stockwerk mit einer Ausstellung über die Geschichte der Burg. Es besteht unter anderem aus Arkaden aus der Zeit Kaiser Karls IV., einem „Urkundenraum“ aus der Zeit von König Ottokar II. Přemysl, der von einem säulengetragenen Gewölbe überspannten Karls Halle, dem Registraturzimmer, der Säulenhalle König Václavs IV. von ca. 1400 und einem Aufbewahrungszimmer für Akten bis zum Jahr 1560. Vom Burghof aus gelangt man in das repräsentative Stockwerk, das über ein ursprünglich von einem gotischen Gewölbe überspanntes Vestibül und das Grüne Zimmer (ehemals Abhaltungsort von Gerichtssitzungen) mit einem barocken Deckenfresko sowie das kleine Audienzzimmer König Wladislaws unter einem spätgotischen Gewölbe verfügt.

Den Mittelpunkt des Geschosses stellt der zwischen 1490 und 1502 unter dem Baumeister Benedikt Ried entstandene und von einem eindrucksvollen Schlingrippengewölbe überspannte Wladislawsaal dar. Er gilt als bedeutendster Saalbau der Renaissance nördlich der Alpen und wurde für Ritterturniere, Bälle, Sitzungen des Hofes, Bazare und Bankette genutzt. Heute präsentiert sich der riesige Saal als eine Mischung aus Renaissanceteilen und spätgotischen Elementen mit 5 Meter hohen Fenstern und einem Holzfußboden von 1791.

Vom Wladislawsaal erreicht man den aus dem 16.Jh. stammenden Ludwigsflügel. Die dort einst gemeinsam mit der im Stil der Renaissance ausgestatteten Ratskammer beherbergte böhmische Statthalterei war am 23. Mai 1618 auf dem böhmischen Protestantentag Ort des zweiten Prager Fenstersturzes, der mit dem Wurf der kaiserlichen Räte aus dem Fenster den Auftakt der Auseinandersetzungen zwischen den böhmischen Protestanten und katholischen Habsburgern bildete. (Die Absetzung des katholischen Königs Ferdinand II. aus dem Haus Habsburg durch die protestantischen böhmischen Stände und die Wahl des reformierten wittelsbachischen Kurfürsten Friedrich V. von der Pfalz zum böhmischen König führten in der Folge zur Verbündung von Kaiser Ferdinand II. mit dem Führer der Katholischen Liga, Herzog Maximilian von Bayern, und lösten den Dreißigjährigen Krieg aus. Nach dem Sieg des kaiserlich-katholischen Heeres gegen die protestantischen Truppen in der Schlacht am Weißen Berg 1620 brach die ständische Regierung in Böhmen, Schlesien und Mähren zusammen. Aus einem Sezessionskrieg in Böhmen, innerdeutschen Krieg und Religionskrieg entwickelte sich durch das Eingreifen des dänischen und schwedischen Königs zur Verhinderung des Vordringens des römisch-deutschen Kaisers an die deutsche Ostseeküste sowie des französischen Königs mit dem Ziel des Bruchs der Macht der Habsburger ein europäischer Hegemonialkrieg. Erst 1648 wurden der Krieg und die konfessionellen Auseinandersetzungen durch den Westfälischen Frieden beendet, der einen säkularen Konfliktes beilegte und die Territorien des Heiligen Römischen Reiches reichsrechtlich und völkerrechtlich neu ordnete.) Weitere Räume des Ludwigsflügels sind Aufbewahrungszimmer für neue allgemeine Akten ab den 1560er Jahren, eine Versammlungshalle aus der Mitte des 16.Jhs. mit Rippengewölbe, das früher als Eingang zum Wladislawsaal fungierende Reiter-Treppenhaus von um 1500 und die mit dem Wladislawsaal verbundene Allerheiligenkapelle von 1370/1580 im Stil der Renaissance mit einem barocken Hauptaltar. Zwischen dem Ludwigsflügel und dem Institut für adelige Damen im Rožmberk Palais liegt der in den 1760er Jahren unter Kaiserin Maria Theresia errichtete Theresianische Flügel.

An der Südseite des dritten Burghofes erstreckt sich der heute als Amtssitz des tschechischen Präsidenten dienende, in der zweiten Hälfte des 16.Jhs./im ersten Viertel des 17.Jhs. für Kaiser Maximilian II. und Rudolf II. sowie Kaiser Ferdinand III. erbaute Neue Königspalast (Nový královský palác) im barocken Stil mit einer klassizistischen Fassadengestaltung aus Zeit Kaiserin Maria Theresias um 1771. In seinem Südflügel befinden sich die Eingangshalle, der Thronraum, Brožíks Zimmer, die Habsburger-Zimmer aus dem späten 18.Jh., das Glaszimmer (das frühere königliche Schlafzimmer), Kleine Zimmer, Spiegelzimmer, Kaminzimmer, Musikzimmer und Gesellschaftszimmer (das frühere Speisezimmer), Janáks Saal, das Oktogon (die königliche Kapelle von St. Václav) und die Alte Halle mit einer Balkendecke und Wänden aus Mergel.

Der Mittelflügel nimmt den Weiten Korridor (eine zur Aufbewahrung der Sammlungen Rudolfs II. genutzte Kunstkomora), die Neuen Zimmer und die Neue Galerie auf. Im Nordflügel liegen für (später zu großen Teilen als Kriegsbeute nach Schweden oder als kaiserliche Besitztümer nach Wien verbrachte) Kunstsammlungen Kaiser Rudolfs II. vorgesehene Räume: die am Ende des 16.Jhs. über den 1583 errichteten Stallungen (seit 1998 Gemäldegalerie mit der Kirche der heiligen Jungfrau Maria und Werken italienischer, deutscher, niederländischer und flämischer Meister) erbaute Galerie Rudolfs II. und der der Pulver-Brücke zugewandte repräsentative Spanische Saal aus dem frühen 17.Jh. (mit Veränderungen des 19.Jhs.) mit einer 13 Meter hohen Stuckdecke und einem umlaufenden Bogengang. Der Westflügel beherbert Rothmayers Saal, das Ankleidezimmer des Spanischen Saals, Plečniks Säulenhalle aus den 1920er Jahren und Pacassis Treppenhaus mit einem Zugang über das barocke Matthiastor von 1614. In den zweiten Hof hinein reicht die barocke Heilig-Kreuz-Kapelle aus der zweiten Hälfte des 18.Jhs. mit klassizistischen Veränderungen aus der Mitte des 19.Jhs..

Das Zentrum der Prager Burg bildet der seit dem 11.Jh. als Hauptkirche der Burg und Bischofssitz sowie Krönungskirche, königliche Grablege und wichtige kulturelle Institution fungierende gotische St.-Veitsdom (chrám Svatého Víta). Die dreischiffige Kirche wurde anlässlich der Erhebung Prags zum Erzbistum auf Anweisung von Karl IV. von 1344 bis 1929 anstelle der romanischen Vorgängerrotunde und der Basilika St. Vitus errichtet und besteht aus zwei Teilen: dem Ostteil mit dem Chor und Glockenturm (mit einer Renaissancegalerie) aus gotischer Zeit im 14.Jh./15.Jh. sowie dem Westteil mit einer zweitürmigen neogotischen Front mit dekorierenden Heiligenfiguren aus dem späten 19.Jh./frühen 20.Jh..

Das durch die Goldene Tür zugängliche und im Hauptschiff von einem Netzgewölbe überspannte Innere verfügt über eine umlaufende Säulengalerie mit Büsten der Familienmitglieder Kaiser Karls IV. und anderer Machtträger, die mit Halbedelsteinen und vergoldetem Stuck ausgekleidete Wenzelskapelle und die Kronenkammer als Aufbewahrungsort der Krönungsinsignien (Wenzelskrone).

Der Dom bewahrt die Reliquien der Stadtpatrone (unter anderem das Haupt des heiligen Veit) sowie Grabstätten böhmischer und römisch-deutscher Könige (z.B. Václavs I., Ottokars I. Přemysl, Ottokars II. Přemysl, Karls IV., Wenzels IV., Georg Podiebrands, Ferdinands I., Maximilians II. und Rudolfs II.) und anderer Persönlichkeiten (z.B. das barocke Hochgrab des heiligen Johannes von Nepomuk und die Grabstätten der Baumeister Matthias von Arras und Petr Parléř).

Den zweiten Burghof durchquerend erreicht man den in der zweiten Hälfte des 18.Jhs. neu angelegten Ehrenhof/ersten Burghof, den westlichen Zugang zur Prager Burg vom Hradschin-Platz aus mit einem monumentalen Eingangstor. Davor erstreckt sich der weitläufige Burgplatz, von dem aus sich eine sehr gute Aussicht auf die Prager Innenstadt bietet.

An seiner Ostseite stehen zum einen an der Stelle eines Renaissancegebäudes das in der Mitte des 17.Jhs. im Barockstil und in den 1760er Jahren im Stil des Rokoko umgestaltete vierflügelige Erzbischöfliche Palais mit einem Prunkportal im Mittelflügel sowie zum anderen das nach dem Ende des 17.Jhs. auf einem gotischen und renaissancezeitlichen Vorgängerbau entstandene zweistöckige Palais Sternberg im hochbarocken Stil in Form einer Vierflügelanlage mit Mansardendach und Werken der Nationalgalerie von der Antike bis zum Barock.

An der Westseite liegt unter anderem das dreiflügelige Palais Schwarzenberg im Stil der Renaissance aus der Mitte des 16.Jhs. mit mit schwarzem Sgraffiti bemalten Wänden und Treppengiebeln. Es beherbergt heute Ausstellungen der tschechischen Nationalgalerie.

Die Prager Burg ist von meist durch Tore oder Treppen miteinander verbundene Gärten umgeben. An der Nordseite wurde zwischen dem Wildgraben und der Straße Mariánské hradby 1534 anstelle von Weingärten der Königsgarten geschaffen. Zunächst im italienischen Stil mit geometrischen Renaissanceformen gehalten und nach barocken Veränderungen im 19.Jh. im englischen Landschaftsstil umgestaltet, befinden sich im Königsgarten in der östlichen Ecke das Belvedere (Sommerschloss der Königin Anna) im Stil der Renaissance aus der Mitte des 16.Jhs. mit dem bronzenen Singenden Brunnen, das 1569 an der Südseite über dem Hirschgraben fertiggestellte und nach 1945 wieder aufgebaute Ballhaus im Renaissancestil, die aus Metall und Glas bestehende Orangerie, die über einen barocken Mittelbau aus Backsteinen verfügende Residenz der Präsidenten (1938 bis 1989) und eine umfassende Steinmauer.

Die Gärten an der Südseite der Burg wurden seit dem 16.Jh. und vor allem nach 1918 stetig verändert und in den 1990er Jahren rekonstruiert. Sie bestehen unter anderem aus dem idyllischen Paradiesgarten mit einem runden Renaissance-Pavillon von 1614 mit Aussichtsterrasse und dem bis zum Opyš reichenden Garten auf der Schanze (dem Ort des Sturzes der kaiserlichen Räte 1618).